Subvención Ministerio de Cultura y Deporte
La naturaleza cultural de las funciones respectivamente encomendadas por la legislación vigente al Ministerio de Cultura y Deporte y a la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, así como la importancia de sus colecciones y fondos históricos, artísticos, bibliográficos y documentales, impulsaron al Ministerio y a la Academia a suscribir con fecha 9 de junio de 1982 un convenio con vistas a la apertura del Museo el 13 de junio de 1986. Posteriormente, el 3 de abril de 1989, se firmó un convenio entre las partes para permitir la apertura al público de nuevas salas del Museo, integrándose en el Sistema Español de Museos.
El Ministerio y la Real Academia han fomentado sus líneas de colaboración a través del mutuo apoyo institucional que se ha plasmado, entre otros aspectos, en la conservación y restauración de las colecciones mediante las intervenciones realizadas por el Instituto del Patrimonio Cultural de España, en la documentación de las colecciones por medio de la cesión del programa DOMUS, en la difusión de las mismas a través de la red CER.es, y en la apertura del Museo mediante la contratación de personal de vigilancia y seguridad.
El 20 de septiembre de 2011 y el 12 de mayo de 2016, el Ministerio de Cultura y la Academia firmaron sendos convenios de colaboración para la realización de proyectos culturales. Ambos acuerdos tienen continuidad en el protocolo general de actuaciones para colaborar en el funcionamiento y actividades del Museo de la Academia suscrito por ambos organismos el 1 de junio de 2020. Este protocolo renueva los convenios previos y tiene como finalidad definir un modelo de colaboración en materia cultural entre el Ministerio y la Academia. En el marco del vigente protocolo, la Academia recibe una subvención anual con cargo a los presupuestos de la Dirección General Bellas Artes para gastos de funcionamiento (mantenimiento, seguridad y vigilancia), así como para la realización de actividades culturales compartidas con el Ministerio.